Skype subit de nombreuses critiques. Tout d'abord, le programme utilise beaucoup de ressources, il utilise presque 2 fois plus de mémoire que d'autres logiciels de téléphonie. Mais ce qui est extrêmement critiqué c'est l'exploitation que Skype fait du réseau auquel il est connecté.

Skype utilise un protocole de communication propriétaire et Skype n'est compatible qu'avec lui même. Le risque que fait courir Skype à ses utilisateurs est caractéristique des solutions propriétaires. Sasser, Blaster ... ces noms sont évocateurs des désastres et des millions de devises perdues par les entreprises. Ces virus ont exploité une faille de sécurité connue, mais non corrigée de Windows (logiciel propriétaire). En effet, Microsoft est seul à pourvoir proposer un correctif. Les virus Sasser et Blaster se sont diffusés sans la nécessité d'une intervention d'un utilisateur. La propagation a été limitée par les firewalls qui bloquent certaines portes de communication. Imaginons quelle serait l'impact de virus semblables avec Skype. On aurait à faire avec un virus qui se propagerait grâce à une application propriétaire dont les correctifs dépendent de son éditeur et surtout d'un virus incontrôlable qui franchirait n'importe qu'elle firewall ! Le Ministère de l'Éducation Nationale français au cours du mois de septembre a demandé sa désinstallation des postes équipés dans tous les établissements scolaires publics. Il semblerait que certains serveurs Skype permettent d'intercepter des informations et le logiciel pourrait aussi servir d'abri à un cheval de Troie. Skype est une grosse boîte noire à l'intérieur de laquelle on ne sait pas ce qui se passe et qui ouvre les portes du réseau de l'entreprise à une propagation de vers.

Gaim est un programme de messagerie instantanée qui gère plusieurs protocoles simultanément. Son auteur a été employé par Google et travaille sur Google Talk, une application concurrente de Skype. Selon Egan, le but de Google Talk serait de s’ouvrir au maximum sur le monde de la communication, et l’auteur de Gaim aurait dans ce sens travaillé à l’implémentation des fonctions de Google Talk dans d’autres clients de messagerie. L’un de ses plus gros chantiers actuels semble être la fonction de communication vocale sur le logiciel de Google. Il cherche ainsi à intégrer cette fonction dans un maximum de clients de messagerie. Dans le même esprit, il développe actuellement Gaim-vv, ou les deux « v » signifient voix et vidéo. Il s’agira de proposer une plateforme permettant le support de ces deux éléments dans Gaim 2.0 (normalement), mais également de les rendre compatibles avec d’autres protocoles, tels que ceux utilisés pour MSN et Yahoo!.

À l'heure de l'interopérabilité, Microsoft et Yahoo pactisent pour rendre leur messenger compatible. Skype semble alors bien isolé et Google semble bien placé en jouant la carte de l'ouverture.